MAN 2 Yogyakarta telah menjadi pusat pelatihan bagi calon guru dari berbagai perguruan tinggi. Setiap tahun, Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) menempatkan mahasiswa dari berbagai program studi untuk menjalani Kuliah Kerja Nyata (KKN) dan Praktek Kerja (PK) selama tiga bulan (Juli dan Agustus 2023). Proses ini dikomandoi oleh Wakaur Kurikulum, Fajar Basuki Rahmat, S.Pd.I.
